Bakker memulai karier juniornya di Ajax Amsterdam sebelum kemudian merumput di beberapa klub top Eropa.
Kala itu, Bakker masuk ke tim kelompok usia 17-21 Ajax pada periode tahun 2015-2019.
Kemudian bek jangkung keturunan Maluku itu sempat membela klub Perancis, PSG (2021) dan Bayern Leverkusen (2021-2023).
Baca Juga: Terpilih Secara Aklamasi, Anisul Fahmi jabat Ketua KNPI Brebes 2025-2029
Pada tahun 2024, Bakker mencapai pencapaian terbesarnya ketika ia membawa Atalanta ke final Liga Europa.
Terkini, Bakker sedang menjalani masa peminjaman di LOSC Lille dari Atalanta sejak awal musim 2024-2025.
Pada 4 Januari 2025, PSSI membidik Bakker untuk dinaturalisasi demi memperkuat skuad Timnas Indonesia.
Baca Juga: Ini Tiga Alasan Patrick Kluivert 'Ngebet' Jadi Pelatih Anyar Timnas Indonesia
Bakker memiliki nilai pasar tertinggi sebanyak Rp235,3 miliar rupiah saat masih bersama Bayern Leverkusen pada tahun 2022 lalu.***